海关是国家进出关境监督管理机关。依照《中华人民共和国海关法》和其他有关法律、行政法规，监管进出境的运输工具、货物、行李物品、邮递物品和其他物品，征收关税和其他税、费，查缉走私，编制海关统计；实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督，开展口岸传染病的预防控制工作；实施出入境动植物及其产品和其他检疫物的检验检疫与监督管理，实施动植物疫情的紧急预防措施等其他海关业务。
东莞海关于1988年7月1日正式开关，是东莞片区的中心关、联络关，根据黄埔海关的授权，代表驻莞海关负责与东莞党政机关、司法、驻军等单位及企业协会的日常工作联系。
东莞海关管辖范围包括东莞市的20个镇街（园区），主要业务包括：负责东莞地区的企业认证、邮件监管、统计分析以及加工贸易备案、结转、核销；辖区进出境货运监管、跨境电商监管、快件监管、企业核查及出入境动植物检疫、卫生检疫、商品检验、进出口食品安全等。
近年来，东莞海关先后获得“全国创先争优先进基层党组织”“全国文明单位”等中央（国家）级重大荣誉；获评“全国海关先进基层党组织”“广东省先进集体”等10余项省部级荣誉；连续16年获得东莞市年度工作表彰。