根据新一轮机构改革方案，东莞市医疗保障局于2019年1月正式组建成立。作为新组建的市政府工作部门，在原社会保障局所属的社会基本医疗保险、生育保险的基础上，整合市发改局药品和医疗服务价格管理、市卫健局医药耗材采购以及市民政局医疗救助等相关职能，主要承担医疗和生育保险政策制定、待遇保障和服务管理，监督管理医保基金、制定药品和医用耗材招标采购政策与监督实施，医疗服务价格管理等多项职责。