海关是国家进出关境监督管理机关。概括的说，海关的职能主要有4项：监管、征税、缉私和统计；具体来说就是依照《中华人民共和国海关法》和其他有关法律、行政法规，监管进出境的运输工具、货物、行李物品、邮递物品和其他物品，征收关税和其他税、费，查缉走私，并编制海关统计和办理其他海关业务。
东莞海关于1988年7月1日正式开关，管辖范围是东莞市的21个镇街（园区），是黄埔海关加工贸易监管业务量最大的隶属海关。目前东莞海关集约了东莞片区的加工贸易业务管理和企业认证管理职能，成立了保税监管集中审核作业中心和企业认证中心东莞工作站。全关办公及作业现场7个，另有东莞石龙中外运货运监管点、东莞跨境电商中心园区监管点正在筹备。主要业务包括：负责东莞地区的加工贸易备案、核销、结转、内销以及企业认证；负责辖区货运监管、“两仓”监管、企业核查等。